Naruto je nindža v urjenju, ki potrebuje pozornost, zna delati preglavice in ima v sebi zapečateno nenavadno, strašno moč. Njegove vragolije zabavajo njegovega inštruktorja Kakashija in dražijo njegove soigralce, zagnanega Sasukija in duhovito Sakuro, vendar Naruto resno namerava postati največji ninja v vasi Konohagakure!
V urjenju vsakega ninje pride čas, ko mora odmisliti moralo in se soočiti z resnico: nindže so orodje za ubijanje. Za Naruta je ta čas nastopil, ko je Sasuke mrtev. Bes v Narutu prebudi duha deveterokega lisjaka in mu da moč, da premaga Hakuja – toda ali se bo zmogel prisiliti, da bo dokončal delo? Ko se bitka za Deželo valov tragično konča, se naši junaki vrnejo v vas Konohagakure pravočasno za izpite za chunine (vajence nindže). Vendar so se na izpitih zbrali mlajši nindžiji z vsega sveta, ki prinašajo svoje nenavadne nindžuce in skrivnostne cilje.